Der Flaschenhals im Barcoding ist die richtige Identifizierung der Belegexemplare. Denn nur wenn die Namen in der Barcoding-Datenbank stimmen, lässt sich das System später für die einwandfreie Identifizierung unbekannter Proben verwenden.

Aus diesem Grund verwenden die Forscher der Zoologischen Staatssammlung München einen hohen Aufwand darauf, Proben richtig zu identifizieren und nachzuprüfen. Denn die richtige Bestimmung der Voucher-Exemplare ist wesentlich dafür, welcher Barcode für welche Art steht. Somit ist die Determinations-Qualität letztendlich dafür verantwortlich, wie gut das Barcoding funktioniert.

Für die taxonomische Einordnung bedient sie sich das Münchner Barcoding-Team gerade bei den Insekten auch externer Fachleute. Denn häufig gibt es für seltene Insekten- oder Spinnengruppen europaweit nur sehr wenige Experten.