In erster Linie bietet das DNA-Barcoding die Möglichkeit schnell, kostengünstig und zuverlässig unbekannte Proben aus tierischem Gewebe zu identifizieren. Aus der Sammlung der Daten und deren Bereitstellung in einer öffentlich zugänglichen Datenbank ergeben sich für Forscher aber auch für Nicht-Experten zahlreiche Anwendungsmöglichkeiten.
Manche dieser Anwendungen sind noch Zukunftsmusik, andere konnten im Rahmen des aktuellen Projektes bereits erprobt und erfolgreich in der Praxis eingesetzt werden:
- Identifikation von unbekannten oder schwer bestimmbaren Proben
- Nachweis von Schädlingen in Land- und Forstwirtschaft
- Menschliche Parasiten identifizieren
- Zuverlässige Artbestimmung in Zoos oder am Zoll
- Lebensmittelkontrolle
- Forensische Entomologie
Neben der praktischen Seite des Barcoding können Forscher die Daten auch für verschiedene Zwecke der Grundlagenforschung einsetzen: